Reklama
Polityka_blog_top_bill_desktop
Polityka_blog_top_bill_mobile_Adslot1
Polityka_blog_top_bill_mobile_Adslot2
niedowiary - blog (szalonych) naukowców niedowiary - blog (szalonych) naukowców niedowiary - blog (szalonych) naukowców

13.01.2015
wtorek

W kaloszach do Nature i Science

13 stycznia 2015, wtorek,

mad scientistW nieprzesadnie dawnych, ale i nie tak znowu bliskich czasach moich studiów mówiono o konflikcie między biologami fartuchowcami a biologami kaloszowcami. Konflikcie niekoniecznie ostrym, często jedynie żartobliwym, ale jednak przesiąkającym całe środowisko i w krytycznych momentach wychodzącym na wierzch. Było niestety (z punktu widzenia mojej strony barykady) oczywiste, że to fartuchowcy mają więcej atutów.

Oczywiście my, kaloszowcy, szydziliśmy z fartuchowców, że psa od kota odróżniają dopiero po zsekwencjonowaniu ich DNA i nie są prawdziwymi biologami. Ale wiedzieliśmy, że kiedy przyjdzie co do czego, to sekwencjonowanie będzie bardziej w cenie, a fizycy prędzej to nas niż ich odeślą do zbierania znaczków. Mój zakład postanowił nie oddać pola walkowerem i zaczął współpracę z fartuchowcami, podsuwając im nasze robaczki do analizy i na chwilę odrywając od muszek owocowych i ulubionych przez warszawskich genetyków kropidlaków.

Rozwielitki mogły zaciekawić fartuchowców, bo zwykle rozmnażają się partenogenetycznie, a więc tworzą wieloosobnicze klony. Co prawda wtedy nie dłubaliśmy im w DNA, tylko w enzymach, a konkretnie w izozymach, które różnicowały poszczególne klony. Ja akurat nie grzebałem w izozymach, tylko klasycznie (choć z wykorzystaniem oprogramowania podłączonego do mikroskopu, co wówczas nie było byle czym) mierzyłem rozwielitkom długość ogonków, a potem kroiłem większe stwory skalpelem i dłubałem w nich igłą preparacyjną. No ale w moim zakładzie kręcili się już prawie fartuchowcy.

Wtedy jeszcze nikt niespecjalnie przejmował się impact factorem, a pojęcie listy filadelfijskiej dopiero wykluwało się na sąsiednim wydziale fizyki, więc nie było jeszcze oczywiste, że przeciętna praca choćby zahaczająca o medycynę będzie o rząd wielkości lepiej punktowana niż dobra praca z biologii środowiskowej. Jedno jednak już wtedy było jasne – jeden artykuł w „Science” lub „Nature” dawał więcej prestiżu niż cała pozostała bibliografia wydziału razem wzięta. Nie pamiętam już, czy to dziekan, czy rektor, w tamtych czasach autorowi artykułu w tych pismach fundował nagrodę pieniężną stanowiącą zauważalny procent pensji. Przyznajmy, zbyt często do kasy sięgać nie musiał.

No i właśnie mój zakład, mimo wspomnianych wyżej zabiegów, wybitnie kaloszowy, mógł się pochwalić publikacją w „Nature”, dającą dowody na ewolucję zachowań u widłonogów i przyłapującą tę ewolucję na kilku etapach. Żadnego DNA, żadnych białek, żadnej ultrastruktury komórki czy biologii rozwoju. Tylko obserwacje środowiskowe i analiza danych historycznych. Jednak u progu nowego tysiąclecia wydawało się, że takie prace będą już odchodzić do historii, a w nowoczesnej nauce niepodzielnie zapanują fartuchowcy, którzy ewolucję będą pokazywać w procesach evo-devo i mierzyć ją zegarem molekularnym.

Do podobnego wniosku chyba doszli prawie wszyscy, na czele z dysponentami grantów. Gdy spojrzeć na wyniki konkursów NCN-u, biologia środowiskowa wygląda mizernie. Granty w panelu teoretycznie jej poświęconym pokazują słuszność prób ucieczki do przodu przez zaprzęganie metod molekularnych do klasycznej ekologii. Granty niezwiązane z fartuchową odmianą biologii środowiskowej trafiają się rzadko. W zasadzie wygląda na to, że łatwiej o nie w panelu nauk o Ziemi. Paneliści chyba uznali, że nauki do przodu nie da się popchnąć w kaloszach, tylko trzeba założyć fartuch. Sami biolodzy chyba też trochę się z tym pogodzili. Niemniej z tego, co wiem, od czasu do czasu składają wnioski o granty bardziej klasyczne, ale wiedzą, że i tak przyjdzie im pracować za grosze z funduszu badań statutowych.

Jeden z takich grantów złożyli moi znajomi z UW badający relacje troficzne na polskich bagnach, m.in. w dolinie Rospudy. Oczywiście projekt nie zyskał zachwytu panelistów. Niemniej pomysł był, jakieś ograniczone środki wydziału też, więc zbadali, co mogli.

W tym samym czasie podobne rzeczy badali Holendrzy i Polacy z SGGW. Gdy zebrano dane tych kilku zespołów, coś, co wydało się nieperspektywiczne dla polskich dyspozytorów grantów, okazało się materiałem na artykuł w „Nature”. Pisałem o tym rok temu. Nie powtarzałbym się, gdyby nie to, że właśnie sukces ogłosił inny zespół z UW.

Otóż po raz pierwszy w historii Instytutu Genetyki i Biotechnologii UW (od czasów, gdy studiowałem, przekształcił się z zakładu) jego pracownik znalazł się wśród autorów artykułu w „Science”. W sumie to potwierdzałoby wcześniejsze prognozy, gdyby nie to, że artykuł nie dotyczy jakiejś zaawansowanej genetyki i biotechnologii, a stanu dużych ssaków drapieżnych w Europie. Jeden ze współautorów, Robert Mysłajek, afiliowany jest z IGiB UW, ale w gruncie rzeczy jego wkład w ten artykuł jest związany z jego na pół hobbistyczną pracą w Stowarzyszeniu dla Natury „Wilk” (kolejną autorką jest afiliowana już z tego stowarzyszenia dr Sabina Nowak).

OK, nie wykluczam, że Mysłajek w badaniu wilków wykorzystuje też jakieś metody molekularne, ale większość jego publikacji nosi raczej znamiona kaloszowości. Oczywiście dziś te kalosze towarzyszą sprzętowi teledekcyjnemu, GPS-owi itd., a potem analizom GIS-owskim, ale to nadal jest ta „nieprzyszłościowa” i „niepraktyczna” biologia środowiskowa.

Zatem jak jest z tym przekładaniem się staroświeckich badań środowiskowych i nowoczesnych badań molekularnych na publikacje w „Nature” i „Science”? Otóż w XXI w. autorzy z Wydziału Biologii UW opublikowali trzy prace w „Nature” – jedna środowiskowa, druga molekularna, trzecia paleontologiczna, a więc bliższa środowiskowym – i tę jedną w „Science” – środowiskową. (Są też publikacje biologiczne, ale afiliowane przez Zakład Biofizyki z Wydziału Fizyki). Owszem, są też inne mierniki sukcesu naukowego, ale akurat te dwa symboliczne wskazują, że preferencja biologii molekularnej wcale nie musi iść w parze z oddźwiękiem w światowej nauce. Tak więc kaloszowcy może na granty z NCN-u liczyć nie za bardzo mogą, ale przymierzać się do prestiżowych publikacji mogą nie mniej niż fartuchowcy.

Piotr Panek

ilustracja: Jennifer Rouse, licencja CC BY-NC-ND 2.0

Reklama
Polityka_blog_bottom_rec_mobile
Reklama
Polityka_blog_bottom_rec_desktop

Komentarze: 30

Dodaj komentarz »
  1. Panie Panek,
    A wystarczyło przecież złożyć się i wykupić udziały w „Science” czy „Nature”, albo też założyć nowe pismo, dobrze płacące noblistom za zamieszczenie w nim ich artykułów, przez co jego „impact factor” przebiłby z łatwością ten od „Science” czy „Nature”. Przypominam, że w kapitalizmie wszystkim rządzi p i e n i ą d z!

  2. To może podział nie przebiega według linii do pasa i od pasa tylko według tradycyjnych kryteriów: dobre/średnie albo genialne/mniej genialne badania?
    Albo może nie sprzęt tylko głowa decyduje o jakości.

  3. @ steaktartar
    to sam tak zrób, zamiast wypisywać bzdury

  4. Reklama
    Polityka_blog_komentarze_rec_mobile
    Polityka_blog_komentarze_rec_desktop
  5. Pamiętam, jak mój wykładowca chwalił się publikacją w takim piśmie. Nawet pierwszą stronę pracy na slajdzie pokazał

  6. mpn
    Nie mam na to funduszy, ale gdyby Ministerstwo mi pomogło, to czemu nie?

  7. mpn
    W Australii miałem noblistów jako wykładowców. Oni się niczym na swych wykładach nie musieli chwalić…

  8. Wykladali Lema?

  9. I tak oto jeden troll zabił dyskusję po ciekawym wpisem.

    A wpis jest o tyle ciekawy, że porusza ważną kwestię: jak rozpoznać istotne badania naukowe i czy istnieje silna korelacja pomiędzy parametrami bibliometrycznymi prac badacza a ich rzeczywistą rangą. Może być przecież tak, że fartuchowchowcom łatwiej publikować dużo, gdyż posługują się inną metodyką badań, co automatycznie przekłada się na większe szanse grantowe, ale niekoniecznie musi to oznaczać, że są to badania bardziej ważne.

    Mamy też pewien paradoks: pracownik Instytutu Genetyki i Biotechnologii UW w sposób krytyczny zwiększył swoje szanse na uzyskanie grantu NCN, który zapewne dotyczyć będzie tematyki „fartuchowej”, przy czym zwiększenie swoich szans uzyskał dzięki artykułowi nie mającemu nic wspólnego z tematyką grantu. Co więcej, ponieważ rzeczony artykuł ma bardzo wielu autorów z wielu państw, trudno nawet zakładać, by ta publikacja świadczyła o zdolności polskiego naukowca do publikowania „w stylu Science”. Tę obserwację można uogólnić na całą polską naukę, którą ogarnęła choroba zwana punktozą. Z drugiej jednak strony bez punktozy (i wzmożonych kontaktów z nauką światową) wcale nie było lepiej, gdyż wtedy o wszystkim decydowała wola kilku ludzi, a jak wiadomo, rzeczą ludzką jest błądzić.

  10. Kaloszowatość musi przeplatać się z fartuchowatością, jeśli chodzi o badania z zakresu biologii środowiskowej. Kalosz musi pobrać próbkę „ze środowiska”, czyli min. musi posiadać odpowiednia wiedzę, gdzie taką próbkę znaleźć. Po czym zanosi ją fartuchowi, który przepuszcza to przez molekularną maszynkę.

    steaktartar
    13 stycznia o godz. 16:15 191199

    Pewnie, tyle że sponsorem takiego pisma byłyby firmy farmaceutyczne, bo to one dysponują największym kapitałem. Jak słusznie zauważyłeś, pieniądz rządzi wszystkim. Obiektywność takiego pisma byłaby wielce dyskusyjna.

  11. A.L.
    Lema to ja tam wykładałem… 😉

  12. Płynna rzeczywistość
    Punktoza jest terminalnym oraz nieuleczalnym schorzeniem nauki. Jak też napisałeś, ważniejsze jest dziś pisanie “w stylu ‚Science’” niż badania, które się prowadzi. Nie trzeba być Einsteinem aby wiedzieć, do czego to prowadzi…

  13. A.L.
    A ja mam dla ciebie pytanie, że tak powiem, fachowe. Czytam sobie właśnie o architekturze komputerów na poziomie, ze tak powiem mikro-programowym i dziwię się, że stosuje się w niej takie tricki jak n.p. „branch prediction” czy też „out of order execution”, które w teorii maja przyspieszać funkcjonowanie komputera (dokładniej procesora), ale wymagają one użycia dodatkowych adresów (rejestrów), a więc dodatkowych transferów danych oraz prowadzenia czegoś w rodzaju „księgowości”, n.p. który wirtualny rejestr odpowiada „niewirtualnemu” rejestrowi (czyli dostępnemu dla programisty w języku assembler).
    Możesz mnie oświecić? Na mój prymitywny rozum ekonomisty, to ta cała skórka NIE jest warta wyprawki i te techniki, moim zdaniem, zwalniają tylko pracę procesora oraz mogą być źródłem dodatkowych błędów.
    Pozdr.

  14. @ steaktartar
    Noblista to rzadkość.

  15. „branch prediction” czy też „out of order execution”,

    Powszechnie stosowane, majace zdecydowany I pozytywny wplyw na sprawnosc proocesora. Czasami „out of order execution” jest wykonywane na poziomie kompilacji; kompilator decyduje czy nie przestawic kolejnosci wykonywania instrucji tak aby uzyskac maksymalna sprawnosc. Procesor zas umozliwia spzretowa reorganizacje instrukcji w „pipeline” na bardziej mikroskopowym poziomie. Zas „branch prediction” wykonywany jest sprzetowo, przez processor, wiec zadne zewnetrzne rejestry ani adresy nie sa potrzebne

    Wszystkie zaawansowane procesory implementuja obie te techniki

  16. A.L.
    Ok, ale “branch prediction” wymaga wykonania instrukcji a po tym sprawdzenia, czy ta instrukcja powinna być wykonana. Dla mnie to jest więc absurd, jako że jeśli nie powinna ona być wykonana, to niepotrzebnie zabierała ona czas procesora, a poza tym “branch prediction” wymaga przecież zawsze dodatkowych operacji polegających na sprawdzeniu, czy owa “branch prediction” odbyła się prawidłowo oraz (pod)sysytemu pozwalającego na jej „odwrócenie”, jeśli owa „predykcja odgałęzienia” nie była poprawna.
    Zgoda, jeśli kompilator zoptymalizuje program, to jest OK, ale jeśli odbywa się to na innym poziomie to mamy tylko same problemy, n.p. z przywracaniem poprzedniego stanu rejestrów, nie w wspominając już o tym, jakim to olbrzymim polem do popełniania błędów są te techniki wszystkie komplikujące, moim zdaniem zupełnie niepotrzebnie, architekturę komputera.
    Pozdr.

  17. mpn
    Noblista nie jest wcale rzadkością na uczelniach z pierwszej setki światowych rankingów, ale zgoda, oni są nieobecni w Polsce (mowa o Noblach z nauki, a nie o „pokojowo-literackich”).

  18. @steaktartar: Duskusja w rodzaju „co prawda nie mam o tym zielonego pojecia, ale uwazam ze to nei ma sensu” jest malo konstruktywna. Proponuje najpierw sie zapoznac z architektura wspolczesnych procesorow, ale tak dokladnie, a potem krytykowac. Na razie Panskie komentarze sa zwyczajnie smieszne.

  19. A.L.
    A ja uważam, że te procesory są niepotrzebnie aż tak złożone, przez co są one dziś za duże i zużywają one za dużo energii, a więc niepotrzebnie wydzielają one aż tak dużo ciepła. Także przypominam, że każda komplikacja zwiększa awaryjność i energochłonność.
    Tzw. eksperci mają zaś dziś mocno zawężone pole widzenia (tunnel vision). Tak więc uważam, że architektura współczesnych procesorów jest niepotrzebnie skomplikowana, i że przyszłość leży w jej radykalnym uproszczeniu. Nie wolno mi mieć takiego zdania, czy co?

  20. @streetcar: „A ja uważam, że te procesory są niepotrzebnie aż tak złożone, przez co są one dziś za duże i zużywają one za dużo energii, a więc niepotrzebnie wydzielają one aż tak dużo ciepła. Także przypominam, że każda komplikacja zwiększa awaryjność i energochłonność.”

    Z calym szacunkiem, ale nie ma Pan o tym zielonego pojecia. Wiec nie bede dalej komentowal

    „Nie wolno mi mieć takiego zdania, czy co?”

    Oczywiscie, wolno. Podobnie jak zdanie o „uzdrowieniu” polskiej nauki czy polskiej gospodarki

  21. A.L.
    To raczej ty masz klapki na oczach i zawężone horyzonty, poza tym nie umiesz myśleć systemowo i brak ci wyobraźni, jako że nie jest argumentem to, że coś jest tak a tak konstruowane, jako że konstruktorzy często się mylą, bezmyślnie i bezrefleksyjnie powielając rozwiązania, które ich nauczono na studiach.
    Podobnie jak mam rację co do katastrofalnych skutków prorynkowych reform (p. n.p. http://wiadomosci.gazeta.pl/wiadomosci/1,114871,17268588,Internauci_nawoluja__pokazmy_kraj_po_latach_rzadow.html#BoxNewsImg) tak samo mam rację co do zbędnej komplikacji w architekturze mikroprocesorów. Tyle, że ty, ze swym umysłowym ograniczeniem nie jesteś tego wstanie pojąć, jako że dla ciebie liczą się tylko tzw. autorytety, które jednak jakże często się po prostu mylą. Nie masz zresztą nic do powiedzenia ad rem, a więc używasz tylko „argumentów” ad personam… 🙁
    Biedni twoi studenci… 🙁

  22. A.L. – p.s.
    Nie podałeś mi ani jednego argumentu ad rem dla poparcia swych tez…

  23. Nie podalem ani jednego argumentu ad rem, bo nie uwazam Pana za partnera do dyskusji na temat architektury procesorow.mWszystkie moje pisanie byloby czysta strata czasu

  24. A.L.
    Znaczy się, że nic nie rozumiesz z tematu „mikroarchitektura komputerów”. Nie dziwię się…

  25. @steaktartar „Znaczy się, że nic nie rozumiesz z tematu “mikroarchitektura komputerów”. Nie dziwię się…”

    Rozumiem ze Pan jest ekspertem.

  26. @steaktartar „Nie podałeś mi ani jednego argumentu ad rem dla poparcia swych tez…”

    JEdyna moje teze w tej „dyskusji” bylo to ze sei Pan na tym nei zna. Co widac po poczatkowych pytaniach

  27. A.L.
    Wciąż czekam na te argumenty ad rem…
    Ja się za eksperta w tej dziedzinie nie uważam, ale to nie znaczy, że nie jestem w stanie zauważyć nonsensów w tej dziedzinie.

  28. P.S.
    Nie ma głupich pytań – są tylko głupie odpowiedzi.

  29. Prosze na te tematy dyskutowac z Kissa i Luapem

  30. A.L.
    OK, ale ty przestań udawać informatyka…

  31. Gratulacje dla autorów omawianego artykułu. Nie przesadzałabym jednak z narzekaniem na grantodawców, którzy nie chcą przyznawać grantów na projekty środowiskowe- sam dr Robert Mysłajek afiliowany jest z IGiB UW, gdyż otrzymał grant FUGA na staż podoktorski w tej instytucji. Więc aż tak źle, żeby kaloszowcy musieli pracować tylko za statutowe, to chyba jednak nie jest.

css.php