Reklama
Polityka_blog_top_bill_desktop
Polityka_blog_top_bill_mobile_Adslot1
Polityka_blog_top_bill_mobile_Adslot2
niedowiary - blog (szalonych) naukowców niedowiary - blog (szalonych) naukowców niedowiary - blog (szalonych) naukowców

31.12.2010
piątek

Portret biologii XXI wieku

31 grudnia 2010, piątek,

mucha

Lektura ostatniego w tym roku numeru „Science” dostarczyła mi sporo ciekawych impresji na temat stanu nauk biologicznych na przełomie 2010 i 2011 roku. Otóż wygląda na to, że dopiero teraz nauczyliśmy się finezyjnie rozumieć zapis genomów.

W „Science” ukazały się dwa artykuły analizujące genomy nicienia C. elegans i muszki owocowej D. melanogaster. Genom C. elagns odczytano w roku 1998, genom muszki D. melanogaster w roku 2000. Trzeba było ponad 10 lat pracy, aby wydobyć z obu genomów informacje, które pozwalają zrozumieć, jak działają sieci genów i regulowane genetycznie szlaki metaboliczne.

Artykuł dotczący genomu D. melanogaster podpisało ponad 100 naukowców. Ten o C. elegans ponad 130. Liczby te nie są więc proporcjonalne do liczby współdziałąjcych ze sobą u obu gatunków genów.

Nie bedę tu oczywiście analizował, jak działają geny robaka i muchy. Chodzi mi natomiast o rzeczy natury socjotechnicznej. Otóż pobieżna analliza listy autorów obu publikacji sugeruje, że podpisali je szefowie dużych laboratoriów badających genomy.

Moją uwagę przykuło nazwisko Marka Perry z Ontario Institute for Cancer Research, który podpisał obie publikacje. Kiedyś dwie publikacje w „Science” za jednym zamachem to byłaby murowana Nagroda Nobla. Teraz, Marc Perry jest jednym z praktycznie anonimowych autorów wielowątkowych publikacji, chyba jednak bez perspektywy na Nobla.

Oczywiście jestem przekonany, że nieznany mi Marc Perry z Ontario Institute for Cancer Research jest świetnym specjalistą w dziedzinie genomiki, i że potrafi czytać równocześnie dwa genomy i stąd możliwość publikowania tego, co w nich wyczytał w „Science”. Równocześnie zastanawiam się, czy ma jeszcze sens podpisywanie publikacji własnym nazwiskiem.

Razem z Markiem Perrym publikację nt. C. elegans podpisało 3 innych naukowców z tego samego instytutu (myślę, że na co dzień pracują razem). Te na temat genomu D. melanogaster sześciu. Wniosek, który nasuwa się z tej lektury jest taki, że istnieją laby, których głównym zajęciem jest czytanie w genomach.

Kiedy uświadomiłem sobie, że tak jest, wydało mi się to zupełnie naturalne. Oczywiscie, że trzeba umieć czytać informacje, która jest zakodowana w genomie, żeby coś na ten temat powiedzieć. Nie mogę jednak ciągle po tym odkryciu wyjść z ze zdziwienia.


Wszystkim blogowiczom życzę wszystkiego najlepszego w Nowym Roku!


Jacek Kubiak

Fot. André Karwat (CC SA 2.5 generic)

Reklama
Polityka_blog_bottom_rec_mobile
Reklama
Polityka_blog_bottom_rec_desktop

Komentarze: 51

Dodaj komentarz »
  1. Podpisanie sie na artykule nie zawsze znaczy besposredni wklad w ten artykul. Znaczy to ze napisalo sie grant, ze dostalo pieniadze, stworzono zespol itd. Nie dostaje sie Nobla za opis genomu. Dostaje sie za otworzenie nowego kierunku badan. Biedny Perry, chociaz sie napracowal, nic nowego w sumie nie wymyslil. Ale zlozyl to do kupy. No ale za to nie ma Nobla….
    A wracajac do informacji zawartej w genomie. Narazie mamy sekwencje ale to nie znaczy ze mamy duzo. Sama sekwencja daje nam w sumie malo informacji. Dzisiaj nie ma roznicy pomiedzy literowa reprezentacja mojego genomu a instrukcja obslugi IPada w jezyku mandarin. Ot, zbiorka znakow…. 2% genomu koduje bialka a 98% nimi rzadzi….. Ciekaw jestem jak sie to wszystko rozwinie i jak nasza wiedza sobie poradzi z systemem gdzie trudno jest odpowiedziec na pytania prostymi doswiadczeniami…

  2. Istnieją takie laby, całkiem sporo. Przepracowałem w takim parę lat i zajmowałem się niczym innym jak czytaniem z czteroliterowego alfabetu i z różnic, jakie występowały w danym skrawku DNA. Farmakogenomika, genetyka populacji, a przecież to nie koniec. Dzięki istnieniu wielkich, otwartych baz danych oraz bioinformatyce, czytanie idzie coraz lepiej, a wraz z nim konstruowanie proteomu lub metabolomu – nie wiem, jakie są polskie odpowiedniki tych terminów.

    Pamiętam wykład jednego magika z USA, który wgryzał się w junk DNA i przedstawiał wyniki dotyczące ekspresji genów sterowanych z odległości ok. 1 Mb, o ile dobrze pamiętam. Na ślad naprowadził fakt, że ten rejon DNA wykazywał się sporym stopniem konserwacji nie tylko pomiędzy gatunkami, ale również pomiędzy grupami kręgowców w ogóle. Takie kopanie w głębokich pokładach informacji zakodowanej w DNA (ale nie koniecznie w genach) nie byłoby możliwe gdyby nie informatyka na usługach biologii. To jest właśnie biologia XXI-go wieku, przynajmniej pierwszych dekad tego wieku.

    Kolejna rewolucja, jaka czeka w przedsionku to zejście z kosztami sekwencjonownia poniżej 1000 dolarów, a tym samym początek indywidualnych, tanich i dostępnych analiz genomów, już nie tylko dla celów poznawczych, ale również dla celów terapeutycznych (kwestie ochrony prywatności pozostawmy na razie na boku – patrzmy tylko na jasną stronę genomiki !). I znowu: małżeństwo genomiki/biologii oraz informatyki, a także fizyki na poziomie fundamentalnym – nanotechnologii, żeby wyrazić się precyzyjniej, gdyż proponowana metoda taniego sekwencjonowania niee jest oparta na dotychczasowym schemacie Sangera, ale właśnie na użyciu czegoś w rodzaju tranzystora, wykorzystując właściwości fizyczne DNA jako molekuły naładowanej elektrycznie.

    Biologia przestaje być czystą dyscypliną naukową, tradycyjną biologią, ale staje się ona dziedziną złożoną z wielu dyscyplin wiedzy, składających się razem na to, co wciąż będziemy postrzegać jako las, w którym zauważamy coraz więcej drzew, im głębiej weń się zagłębiamy…

    Dobrego w Nowym Roku !

    Jacobsky

  3. W jednej Księdze przed naukowej i nienaukowej napisane jest, że organizmy żywe w wodzie były przed organizmami żywymi na lądzie. Nauka ogłosi, że życie wyszło z wody na ląd, czyli że organizmy żywe w wodzie były przed organizmami żywymi na lądzie. O ile nauka opisuje zmiany ewolucyjne w przyrodzie, to w tej Księdze moc sprawcza była wszechmogącą. Zatem woda i ziemia mogły jednocześnie wydać istoty żywe. A jednak organizmy żywe nie pojawiły się jednocześnie w wodzie i na lądzie. Zatem jest coś w naturze [może jakaś swoboda], która być może jest zapisana w kodzie DNA, ale jest też mechanizm [może jakieś ograniczenie], które ocenia, czy coś jest dobre, przystosowane. Czy człowiek niewykształcony naukowo miałby taką zdolność przenikania umysłem natury, aby dokonać trafnego zapisu podziału zaistnienia na Ziemi organizmów żywych najpierw w wodzie, a potem na lądzie? Czy przyroda jest dziełem twórczości natury? Jakby malarz powiedział farbom i pędzlom – namalujcie ideę a potem uznał, że obraz jest dobry. Malarz podał ideę i akceptację. Farby i pędzle ułożyły geometrię barw w obraz. Może zatem jest w kodzie DNA sekwencja wskazująca na start i stop w wodzie, start i stop na lądzie, a między tymi stanami jest sztuka natury z natury, przez naturę. Idee z blaskiem względności, nieoznaczoności, nierozstrzygalności i twórczości nie jest łatwo napisać. Jest chyba raczej jednak ślad idei jednoznacznie oczywisty zgodności zapisu z przeszłości z zapisem współczesnym – organizmy żywe w wodzie były przed organizmami żywymi na lądzie. Czy różnica środowiska (woda, ląd) ma swoje odwzorowanie w kodzie DNA?

  4. Reklama
    Polityka_blog_komentarze_rec_mobile
    Polityka_blog_komentarze_rec_desktop
  5. @ lot idei :

    Ma. Wszyscy jestesmy urodzeni w wodzie (plodowej). Wlasnie dlatego, ze w DNA mamy to zapisane.

  6. Zatem trzeba jeszcze wyjść z wód płodowych na ląd. Zmiany w naturze dokonują trzy czynniki fizyczne – są to: grawitacja, temperatura i entropia. W pierwszej idei – nie jest lub nie byłoby może chyba jednoznacznie oczywiste, że ich wpływ powinien być rozróżnialny w geometrii fizycznej, jaką jest struktura kodu DNA. Temperatura i entropia są może zbyt niepewne, ale grawitacja może jest, byłaby bardziej pewna. I może jest już to wiadome, a może jeszcze nie, czy te czynniki [ich zmiana względem środowiska – woda, ląd], ich różny wpływ środowiskowy, uwidacznia się w kodzie DNA? *** Zwłaszcza grawitacji. *** Uszczegółowienie idei. Jeżeli grawitacja zapisała się widoczną i pewną rozróżnialnością wpływu w zapisie kodu DNA w środowisku wody i lądu, to DNA ma „ścieżkę grawitacyjną” wyjścia organizmów żywych z wody na ląd. Czy kod DNA ma „ścieżkę grawitacyjną, ślad różnego wpływu grawitacji względem środowiska woda – ląd”?

  7. @ lot idei :

    Tak na dobra sprawe to zadne kregowce nie wyszly definitywnie na lad. Wszystkie sa uzaleznione od wody. Nawet te zyjace na pustyni w koncu rozwijaja sie w srodowisku wodnym w jajach. Wyjscie na lad jest w wielkiej mierze tylko nasza subiektywna obserwacja.

  8. Ślad kosmicznego ruchu Ziemi. Wracając do wspomnianych czynników: grawitacja, temperatura i entropia. Niech w idei temperatura reprezentuje „ruch cieplny”, elektromagnetyczne promieniowanie cieplne, światło i inne kosmiczne promieniowania. Niech entropia reprezentuje środowisko w glebie/na powierzchni ziemi, w wodzie i w powietrzu. Niech w idei długookresowy w czasie wpływ tych czynników będzie ideowo stały, choć mogą dokonywać rzeczywistego, zmiennego wpływu. Potrzebna dalej jest idea tej stałości ale zarazem w niej możności dokonywania zmienność. Istnieje inna pewna stałość ewentualnego wpływu i ewentualnie jego dostrzegalność w kodzie DNA. Jest to ruch Ziemi. Ruch wokół swej osi i wokoło Słońca. Długotrwała cykliczność tego ruchu. Rysunek – idea wpływu na budowę DNA kosmicznych cykli ruch Ziemi:

    const.=grawitacja~[przyroda budowy kodu DNA]~temperatura=const.

    Czy w kodzie DNA przejawia się podwójna, tj. dobowa i roczna cykliczność kosmicznego ruchu Ziemi? Albo na przykład „zamazywanie” tego wpływu przez wpływ środowiska. W idei, brak śladu tych cykli, jeżeli założyć, że powinien być, oznaczałby (?) ich mały wpływ, mniejszy od wpływu środowiska [entropii].

  9. @ lot idei :

    Na budowe DNA pewnie nie ma, ale na geny i ich ekspresje zapewne tak. Kazda komorka wyczuwa zapewne tak wazny czynnik jak grawitacja, ale dzis nie bardzo wiadomo jak te informacje sa przez komorke przetwarzane i jak sily mechaniczne dzialaja na ekspresje genow, choc wiadomo z doswiadczen, m. in. na drozofili, ze dzialaja. A ruch Ziemi? Tego chyba nie wie nikt.

  10. Idea kubitogramu fragment kodu DNA { zasady: T, A, C, G } i bitów kwantowych: 11, 10, 01, 00. Wybrany w idei jest układ geometrii zasad, http://www.google.pl/images?hl=pl&q=DNA&um=1&ie=UTF-8&source=og&sa=N&tab=wi&biw=1024&bih=572 i dodane majsterkowanie qubitem z przejściem do notacji binarnej i dziesiętnej. Czy to jest dobra idea [dobra naukowo, czyli weryfikowalna, falsyfikowalna . . .]:

    [ T ][ A ] – [ 11 ][ 00 ] – [ 1100 ] – [ 12 ] -[ 4 ]
    [ C ][ G ] – [ 10 ][ 01 ] – [ 1001 ] – [ 9 ] – [ 3 ]
    [ G ][ C ] – [ 01 ][ 10 ] – [ 0110 ] – [ 6 ] – [ 2 ]
    [ A ][ T ] – [ 00 ][ 11 ] – [ 0011 ] – [ 3 ] – [ 1 ]

    I dalej, idea jakoby modelu skwantowanej qubitarnie sekwencji geometrii fizycznej DNA: 1234. To może powinno się przejawiać w nano kwantowej fizyce, chemii wiązań atomowo cząsteczkowych. I dalej w idei, w środowisku niezmienniczym rozbudowa DNA byłaby: 1234 1234 1234. Ale środowisko jest fizycznie aktywne, zatem fizyczna helisa DNA geometrii qubitarnej składająca się z geometrii fizycznej zasad, a te z geometrii fizycznej atomów i cząsteczek, tworzy inne układy, symbolicznie zapisując 2341 2431 . . . – ta notacja idei nie jest dopasowana do rzeczywistego układu zasad w DNA. Są to poskładane „idee”, ale może byłyby przydatne dla nauki alby jest stosownie ująć i opisać.

    Przemko napisał: „zbiorka znakow?. 2% genomu koduje bialka a 98% nimi rzadzi?”

    To w idei może by pasowało. Jest jednostkowa skwantowana geometria zapisu kodu DNA a dalej rozbudowa helisy wynika z różnorodności czynników, stąd taka duża ilość, która nimi rządzi, czyli są odwzorowaniem, relacji geometrii podstawowej z środowiskiem, rysunek:

    [geometria kubitu, helisa DNA] ~ [geometrie relacji] ~ [środowisko]

    Wynik z idei może taki, że w kodzie DNA nie ma tajemnicy logicznej, kwantowa geometria podstawowa jest wypełnieniem stanu kubitu, a pozostały zapis kodu w helisie jest historią dopasowania się rozbudowy jej geometrii do środowiska. To tak jakby inżynier budowy miał cztery rodzaje cegieł, z których ma zbudować geometrię fizyczną w wodzie, na lądzie, w powietrzu, w zimnym, ciepłym, ciemnym, jasnym, pod różnym ciśnieniem, interaktywną /prosta/, aktywną /złożona/. . . na którą ma wpływ grawitacja, kosmiczny ruch Ziemi. I w kodzie DNA można by rozpoznać, które złożenia z 1 2 3 4 wewnętrzne w helisie, są efektem wpływu jakiego czynnika zewnętrznego. Idea kubitogramu DNA ułomna tu jest, ale czy nadawałaby się na cel badań naukowych? Czy ta idea nadaje się do realnego doskonalenia?

  11. lot idei pisze: 2011-01-02 o godz. 00:50

    Błagam! Proszę mi wytlumaczyć czy „grawitacja, temperatura i entropia”
    to synonimy tercetu „kwasowość, ciśnienie i niepokój”?

    Gospodarz wprawiony w wyłuskiwaniu pogłądów z byle jakiego języka potrafi dyskutować nie zablokowany. A ja nie mogę kontynuować czytania Pańskiego wpisu bez roztrzygnięcia czy „geometria fizyczna” to rzutowa, Riemanna, euklidesowa, Łobaczewskiego czy też eliptyczna? Ja też dolewam do swych pseudonaukowych rozważań kufel quasipoezji ale tej poetyki nie kumam!

    Przyjmę z pokorą wezwanie: „Nie przeszkadzaj chemiczny ignorancie!” i wezmę tramal płodny w dziury w centralnym układzie nerwowym.
    Ale proszę łaskawie autorytatywnie mi wyjaśnić i ukoic moje nerwy!

    Pozdrawiam i życzę Gospodarzowi i Jego Gościom radości z dyskusji TU w 2011!

  12. Dlaczego akurat T=11, a nie C dla przykładu ?

    To wszystko przypomina trochę wysiłki Watsona (czy Cricka – już nie pamiętam) mające na celu rozgryzienie kodu genetycznego, zanim w sposób spektakularnie prosty i elegancki uczynił to Niremberg (za dwa tygodnie upływa pierwsza rocznica jego śmierci). Nawet kryptolodzy zaprzęgnięci przez gwiazdorów naukowych z Cambridge nie dali rady doszukać się sensu orazi idei w DNA, bo w kodzie genetycznym nie o to chodzi.

    Nie mówiąc już o tym, że najpierw, z punktu widzenia ewolucyjnego, było RNA (taki przynajmniej pasuje consensus na dzień dzisiejszy), a więc jaka jest wartość U w systemie binarnym, skoro już zabierać się do sprawy w sposób kompleksowy ?

  13. @ staruszek :

    Ja tez nie kumam. Staralem sie odpowiadac na sensowne pytania. Na bezsensowne nie potrafie.

  14. Geometria fizyczna, jako idea budowy np. atomów. Jest jądro i elektrony. Jest coś całością, składającą się z części. Helisa DNA w tej idei jest geometrią fizyczną. Są w tej tu idei geometrie fizyczne, tj.: symetryczna, fraktalna, harmoniczna, kwantowa.

    T =11, itd. jak wyżej układ bo wychodzi 1234. Majsterkowanie literami i gubitami.

    Oczywiście, że ta idea składa się z bylejakiego języka, ale musi być ładna dla oka, z tego powodu jednak nie musi być dobra dla nauki. Czy jednak da się ją przełożyć na niebylejaki język? Jeżeli idea jest tu nazbyt szalona, to nie jest jej tu miejsce. Nie można jednak tego poznać, bez jej tu napisania.

  15. O jej: Helisa ma byc geometrią fizyczną. Przeciez to sie kupy nie trzyma. 🙂
    Zgadzam sie z Jacobskym, ze to przypomina dywagacje sprzed rozszyfrowania kodu genetycznego. Szkoda czasu…

  16. ufff…..

  17. Idea nie jest teorią naukową. Idea dla nauki albo jest przydatna albo nie jest. Choć ta tu ujęta zapewne wymagałaby naukowej poprawy jakości ujęcia dla tego co można by w nauce nazwać ideą. Uff. Również, bo więcej w tej alchemii nie ma. A co do geometrii fizycznej, to w atomie jest więcej pustego miejsca niż jest materii atomu. Tak samo w każdym ciele. Można ukazać kształt helisy, jej geometrię fizyczną materii wypełnienia w przestrzeni, ale wewnątrz jest pusta, pustką w każdym atomie i między nimi. Geometria fizyczna jest bytem, tylko wówczas jest ciągłość splątania części i całości Wszechświata. Ale to już inna idea. Jeżeli idea „kubitogramu geometrii fizycznej DNA” nie jest nazbyt szalona, to może znajdzie kiedyś tu swego studenta, naukowca, który ją stosownie w ideę naukową ułoży. Koniec. Dziękuję za wcześniejsze odpowiedzi na sensowne pytania.

    ps. Powyższa idea kubitarna jak nie nada się dla nauki, to może nadaje się do szkół, aby uczniowie poznawali zapis binarny, kubitarny i DNA oraz pisali algorytmy obliczeniowe. Zabawka dydaktyczna (?).

  18. Prawdę mówiąc, to wolę pracę fizyczną zamiast geometrii fizycznej…

    Co do użyteczności idei kubitarnej w szkołach, to chyba trzeba skontaktować się z kuriatorium lub z odpowiednim ministerstwem.

    Osobiście nie nadużywałbym słowa „pustka” w odniesieniu do opisu natury, nawet na poziomie struktury fundamentalnej.

  19. Dodatek: . . . wewnątrz jest pusta, pustką w każdym atomie i między nimi . . . w szampanie nie ma bąbelków, pustki w cieczy . . . między Słońcem a Ziemią jest pustka, w której zachodzi ruch geometrii fizycznej fali elektromagnetycznej. Ja wolę ideę geometrii fizycznej światła od zaburzeń między pola EB. I wyobrażenie w idei, że Wszechświat jest geometrią fizyczną i wszystkie ciała i promieniowania są geometrią fizyczną, a grawitacja ma naturę między pola EB/BE {qubit: EE – pole elektryczne, BB – pole magnetyczne, EB – pole elektromagnetyczne, BE – pole grawitacyjne}.

  20. Jacobsky napisał:
    „(…) a wraz z nim konstruowanie proteomu lub metabolomu – nie wiem, jakie są polskie odpowiedniki tych terminów.”

    proteom i metabolom 🙂

  21. Cosi,

    dzięki.

  22. Drobiazg.

    Wszystkie -omy mają nazwy odpowiadające angielskim, oprócz interaktomu, którego nie znalazłem w polskim piśmiennictwie (ale można przyjąć, że tak by właśnie brzmiał 😉 )

  23. @Przemko

    „Podpisanie sie na artykule nie zawsze znaczy besposredni wklad w ten artykul. Znaczy to ze napisalo sie grant, ze dostalo pieniadze, stworzono zespol itd. ”

    Pomysly i kierowanie badaniami nie stanowia bezposrednego wkladu? To mi przypomina prymat pracy fizycznej z lat 50-tych poprzedniego wieku.

    „Nie dostaje sie Nobla za opis genomu. ”

    Zdarza sie, wymienmy nagrody w 1983 i 2009.

    „Biedny Perry, chociaz sie napracowal, nic nowego w sumie nie wymyslil. Ale zlozyl to do kupy.”

    Troche krzywdzace to stwierdzenie dla Perry’go i wspolpracownikow. Otrzymanie mapy aktywnosci genomu dla calego organizmu w trakcie rozwoju jest czyms nowym. Nie wspominam o zaskakujacych zjawiskach ktore widac na tej mapie.

    „A wracajac do informacji zawartej w genomie. Narazie mamy sekwencje ale to nie znaczy ze mamy duzo.”

    To bardzo duzo ale w nauce oczywiscie zawsze chcemy wiecej. I tak jest fajniej.

    „Sama sekwencja daje nam w sumie malo informacji. Dzisiaj nie ma roznicy pomiedzy literowa reprezentacja mojego genomu a instrukcja obslugi IPada w jezyku mandarin. Ot, zbiorka znakow?. 2% genomu koduje bialka a 98% nimi rzadzi?.. ”

    Przeciez dokladnie o to idzie w tych pracach — zbadac jak organizm „uzywa” swoj genom. I tak, wiemy teraz ze robak obly ma 30% sekwencji ktora jest silnie zakonserwowana ewolucyjnie, z czego polowa cos koduje a reszta cos reguluje. Dla Przemko to tyle co nic, ale jest sporo ludzi ktorym ta informacja sie bardzo przyda szczegolnie z poziomem rozdzielczosci dla indywidualnych genow.

  24. Jacku,

    Zatytułowałeś wpis „Portret biologii XXI wielu”. Chwilę się zamyśliłem nad tym, dlaczego napisałeś „wielu” zamiast „wieku”. Pewnie to pomyłka (L i K są obok siebie na klawiaturze (przynajmniej mojej)), ale jakoś znacząca, bo piszesz o pracach bardzo wielu autorów.

    Zastanawiam się, na ile ten portret biologii, który sugerujesz, będzie prawdziwy. Ja, z powodu braku wystarczającej wiedzy, jak już do Science zajrzę, to czytam raczej artykuły zbliżone do etologii. Z ostatniego okresu pamiętam te, które sam przeczytałem z zainteresowaniem i podsunąłem synowi, który w liceum ma rozszerzony program biologii.

    Jeden to artykuł o wronach z Nowej Kaledonii – wiadomo było, że używają one narzędzi do wydobywanie z pniaków drewnianych larw oraz do rozbijania orzechów. Pytanie brzmiało: na ile istotne znaczenie w ich diecie mają pokarmy zdobywane przy użyciu narzędzi. Wyszło, że są bardzo ważne.

    Drugi to artykuł o fizycznym mechanizmie picia przez koty (mleka, wody, …). Okazauje się, że posługując się aktywnie adhezją cieczy do języka, wyciągają z niej w górę kolumienkę, którą potem połykają.

    Świat oglądany z tej perspektywy wygląda zupełnie inaczej, niż badania genów i molekuł.

    A pozostają do zbadania pytania, które mi się wydają fundamentalne.

    Przykład: kiedy wyprowadzam psa i spotkamy na spacerze innego psa, to odbywa się albo awantura za pomocą głosu, albo rytuał naprzemiennego kilkukrotnego obsikiwania a potem obwąchiwania jakiegoś kamienia, drzewka, czy co tam jest pod („ręką” chciałoby się napisać, ale chodzi o inną część ciała).
    Skoro sikają i wąchają kilka razy, to pewnie za każdym razem pachnie trochę inaczej – czyli na naszych oczach odbywa się akt komunikacji, może wręcz rozmowy w języku zapachów. Ciekawe, ile czasu zajmie zrozumienie, co one sobie w ten sposób mówią. Psy towarzyszą ludziom od kilku tysięcy lat i nic dotąd chyba o tym nie wiemy.

    Generalnie wydaje mi się, że nasze rozumienie komunikacji w świecie zwierząt jest marne, a już szczególnie, gdy jako medium służy zmysł słabo u nas rozwinięty i zarazem trudny do pomiaru instrumentalnego, jak właśnie zapach.

  25. @ J.Ty.:

    Sorry, to literowka. Juz zmieniam.

  26. J.Ty.

    chyba jednak coś wiemy o psach, skoro skutecznie potrafimy je tresować, przystosowując tym samym do różnych, ważnych z naszego punktu widzenia zadań. I nie jest to proces, który odbywa się na ślepo, ale z zastosowaniem metod wywodzących się właśnie z obserwacji oraz z analizy zachowania tych zwierząt. Proces dość skuteczny, przynajmniej z naszego punktu widzenia.

    Co do komunikacji między psami: mówią sobie dokładnie to samo, co inne zwierzęta posługujące się kodem zapachowym lub dźwiękowym oraz instrumentami do ich odczytania: „tu byłem”, „to mój teren”, „mam cieczkę”, „wkurzasz mnie” itp. Reszta domniemanych tajemnic psiej komunikacji to nasze projekcje, doszukiwanie się cech komunikacji ludzkiej w zachowaniu naszego ulubionego towarzysza życia, co nie koniecznie musi mieć sens. Obserwacje wilków pokazują dość jasno, że ich system komunikacji, jakkolwiek wyrafinowany w środkach (zapach, dźwięk, grymasy pyska, pozycja ogona oraz sylwetka ciała), sprowadza się w sumie do dość ograniczonego zestawu znaczeń, mających na celu zachowanie pewnej struktury stadnej, zaś ta ostatnia służy przede wszystkim celom reprodukcyjnym (w czym zawiera się również codzienne przetrwanie danego stada, a więc, per saldo, gatunku). Ludzie żyją z psami od bardzo krótkiego czasu (z punktu widzenia ewolucyjnego). Nasze psy nie odeszły daleko od schematu zachowań oraz związanych z nim metod komunikacji, obserwowanego u psich kuzynów w naturze.

    Nasze zrozumienie komunikacji w świecie zwierząt jest takie samo jak zrozumienie natury w innych dziedzinach. Wbrew temu, co piszesz, wiemy całkiem sporo, choć trudno natychmiast rozszyfrować wszystkie systemy komunikacji wszystkich zwierząt czy w ogóle: organizmów żywych. A tych jest całkiem sporo. „Rozmawiają” ze sobą bakterie, „rozmawiają” rośliny czy grzyby, i naukowcy badający te organizmy piszą często i gęsto o sposobach wymiany podstawowych informacji między osobnikami danego gatunku, czy w obrębie danej wspólnoty gatunków. Jednak oczekiwać pojawienia się Dr. Doolittle jako wynik badań nad komunikowaniem się zwierząt – to będzie zawsze należeć do sfery bajek.

    Pozdrawiam.

  27. @Jacobsky Ależ te komunikaty, które wymieniasz czyli ?tu byłem?, ?to mój teren?, ?mam cieczkę?, czy ?wkurzasz mnie? to przecież najczęściej przekazywane komunikaty we wzajemnym komunikowaniu się ludzi (wiem, wiem cieczka brzmi niestosownie, ale z punktu widzenia biologii to komunikat jest bardzo podobny…). Tak więc sam właśnie wskazujesz na olbrzymie podobieństwa pomiędzy ludźmi i psami we wzajemnym komunikowaniu się. Reszta to bardzo rozbudowana forma. Przykładowo komunikat „to mój teren” w środowisku naukowców mógłby zostać przekazany w formie wypowiedzi – „Mój szanowny przedmówca nie jest wprawdzie specjalistą w genetyce populacji” „/’

  28. Jarek,

    wiem o tym. W końcu biologicznie jesteśmy zwierzętami, w pełnym tego słowa znaczeniu.

  29. @Jacobsky

    Komunikacja między moim psem i mną odbywa się za pomocą środków narzuconych przez mnie. To, że mój pies jest w niej całkiem sprawny każe mi się domyślać, że w swoim „ojczystym” języku jest jeszcze bardziej wymowny. Bardzo jestem ciekaw na przykład, czy można „nasikać” komunikat: to jest mój teren, Azor ma się trzymać z daleka a Bobik jest na nim mile widziany.

    To, że znamy z grubsza kategorie znaczeniowe psich czy wilczych komunikatów to jeszcze nie wszystko. Gdybyś zastosował te kryteria do DNA, to informacja, że w DNA są geny, które kodują białka, a sekwencje pozagenowe zawierają w sobie regiony regulatorowe powinna zamykać sprawę, bo mniej więcej na tym poziomie rozumienia informacji wymienianych przez zwierzęta jesteśmy. Resztę można by przykryć opinią, którą cytuję słowo w słowo za Tobą: … wiemy całkiem sporo, choć trudno natychmiast rozszyfrować wszystkie systemy komunikacji wszystkich zwierząt czy w ogóle: organizmów żywych. A tych jest całkiem sporo.

    Tak naprawdę sądzę, że kwestie komunikacji pomiędzy zwierzętami i źródeł ich zachowań wypychamy z pola widzenia, bo jesteśmy wobec nich rozpaczliwie bezradni.

    Z pewnością chciałbym być kimś w rodzaju doktora Dolittle i uwżałbym to za dużo ciekawsze niż to, czym zajmowali się Watson, Crick czy Craig Venter.

  30. @ J.Ty. :

    Bardzo jestem ciekaw na przykład, czy można ?nasikać? komunikat: to jest mój teren, Azor ma się trzymać z daleka a Bobik jest na nim mile widziany.

    Mozna: wiecej lub mniej testosteronu w moczu i odpowiedz gotowa kto tu dominuje.

  31. J.Ty.

    Co do wyboru między Doolittle i Watsonem, to jest to kwestia gustu. Dla mnie na przykład logika jest nudna jak flaki z olejem.

    W przeciwieństwie do tego, co piszesz, w kwestii komunikacji między zwierzętami wcale nie jesteśmy tacy bezradni, a badanie zachowań zwierząt nie jest wypychane z pola widzenia. Problem w tym, że w biologii molekularnej, komórkowej czy z biochemii pokłada się więcej nadziei na przełom np. w medycynie, niż w badaniach zachowania zwierząt oraz metod komunikacji między nimi. Poza tym, o ile na poziomie molekularnym istnieje tylko jeden, uniwersalny alfabet (a raczej dwa), o określonej liczbie znaków (4 lub 20) i określonej składni, o tyle każdy gatunek ma swój własny, niemal unikalny system komuniakcji. Jedni specjaliści badają szpaki, inni orki, a jeszcze inni starają się gaworzyć z szympansami (np. za pomocą Amslangu dla głuchoniemych). W każdym przypadku wyniki są ciekawe, ale np. odkrycie specyfiki komunikacji i szpaków przekłada się nijak na postęp w dziedzinie odkodowania sygnalizacji orek dla przykładu. I vice versa. Myślę, że Twoje zestawienie badań nad komunikacją zwierząt z badaniami nad kodem genetycznym raczej pozbawione jest większego sensu.

    Czy rzeczywiście musi zawsze być jakieś drugie dno znaczeniowe w zachowaniu zwierząt ? Jeśli pies merda ogonem to jakie ma być głębsze znaczenie tego sygnału poza kontekstualnym ? Pies merda ogonem to sygnał. Bo dostał kość, bo wrócił jego pan, bo spotkał psiego kumpla – to kontekst. Być może kontakt z pobratymcem ma gdzieś zakodowane to drugie dno, ale nie koniecznie musi ono być widoczne w modulacji merdania ogonem. My również komunikujemy mową, ale podświadomie wysyłamy i odkodowujemy sygnały z ruchu ciała, intonacji głosu, czy nawet z wydzielanego zapachu ciała. Z tym, że nie nazywał bym tego językiem, a zwłaszcza ojczystym w odniesieniu do zwierząt, nawet jeśli tu czy tam mówi się o tzw. dialektach regionalnych (np. u orek lub niektórych ptaków śpiewających)

    Pies głównie „wysikuje” komunikat i prawdopodobnie potrafi nadać temu komunikatowi niuanse chemiczne, ale czy pies czyni to z rozmysłem, czy raczej instynktownie, w automatycznej odpowiedzi na dany kontekst środowiskowy, w jakim pies się znajduje ?

    Moim zdaniem to drugie.

  32. Badanie psiej uryny bywa owocne. Przypomnijmy odkrycie roli trzustki w metabolizmie cukru. Polsko-niemiecki badacz Oskar Minkowski zaobserwowal ze mrowki gromadza sie wokol moczu psa ktoremu wczesniej usunieto trzustke. Ta wlasnie obserwacja w koncu doprowadzila do odkrycia insuliny i wyjasnienia przyczyny cukrzycy.

    Mozna tylko zachecac do wnikliwego obserwowania moczu.

    http://www.news-medical.net/health/Insulin-Discovery.aspx

  33. @Jacobsky

    Piszesz

    Pies głównie ?wysikuje? komunikat i prawdopodobnie potrafi nadać temu komunikatowi niuanse chemiczne, ale czy pies czyni to z rozmysłem, czy raczej instynktownie, w automatycznej odpowiedzi na dany kontekst środowiskowy, w jakim pies się znajduje ?

    Moim zdaniem to drugie.

    A masz jakiś argument na to zdanie? Jak byś przeprowadził eksperyment, żeby to zweryfikować?

  34. J. Ty.

    argument jest raczej bezsprzeczna instynktowność zachowań zwierzęcych oraz dyktujące tę instynktowość reakcje fizjologiczne. Odwracając pytanie: masz jakiś argument przeciwko memu zdaniu ?

    Nie jestem w stanie zaprojektować eksperymentu z tej prostej przyczyny, że nie jestem specjalistą ani od psiej fizjologii, ani od psich zachowań. Równie dobrze mógłbym poprosić Ciebie o zaprojektowanie eksperymentu mającego na celu zweryfikowanie tezy przeciwnej.

    Pozdrawiam.

  35. Moje doswiadczenie z psem jest nastepujace. Jezeli pies nadmiernie halasuje, nalezy rzucic w jego strone ksiazke telefoniczna (z humanitarnych przyczyn celujac obok psa oczywiscie ale blisko). Dodam ze jest to jeden a moze jedyny powod dla ktorego warto jeszcze posiadac ksiazke telefoniczna. Kontrolna proba nie jest tutaj latwa do zaprojektowania ale wiedza anegdotalna ktora zgromadzilem sugeruje ze nastepuje czasowe wyleczenie psa z tego uciazliwego nalogu.

  36. Kontynuujac temat wydalin, natknalem sie wlasnie na wiadomosci dotyczace zatwardzenia w czasie ciazy u muchy owocowej (z daleko idacymi implikacjami):

    „Humans and fruit flies reproduce in very different ways, yet the associated symptoms of constipation and bloating and their cause ? a reproductive hormone ? are the same,” explains Dr Miguel-Aliaga.

    http://www.eurekalert.org/pub_releases/2011-01/wt-pca010411.php

  37. @Jacobsky

    Rozumiem, że Ty nie masz argumentu za bo pytasz mnie o argument przeciw, ja nie mam argumentu przeciw, czyli wychodzi, że nie wiadomo.

    To właśnie twierdziłem od początku – że to trzeba będzie dopiero zbadać.

  38. J.Ty,

    argument za traktowaniem zwierząt raczej na poziomie instynktów niż świadomości jest bardzo zasadniczy: nie trzeba mnożyć bytów bez potrzeby. Poza tym trzeba najpierw zdefiniować czym jest wolna wola (powodująca działanie z rozmysłem) i jak ta wolna wola miałaby się przejawiać u zwierząt. To, że zwierze dokonuje wyboru nie oznacza, że jest to wolny wybór, a już z pewnością nie oznacza, że swym aktem „wolnej woli” chce celowo (świadomie ?) przekazać coś komuś.

  39. Na przesłance o psim węchu ułożyłem kiedyś ideę napędu kosmicznego rozpędzającego wehikuł do prędkości światła. O napędzie nie będę się rozpisywał, bo to inny wątek, ale do kosmosu z pieska nosem w idei było tak: w bajkach czasem jest piesek, który ma przymocowany do grzbietu patyk a na jego końcu pachnącą kiełbaskę. Piesek widzi i czuje zapach kiełbaski, więc biegnie, a kiełbaska mu ucieka. I tak odbywa się ruch układu pieska z kiełbaską. Zapach napędza łapy. To bardzo ciekawy ruch w idei przestrzeni kosmicznej, gdyby sobie wyobrazić pieska biegnącego w próżni, zatem nie ma podłoża. Czyli zostaje w idei piesek, nos, zapach, patyk i kiełbaska. Jak tę ideę modelu przenieść w kosmiczny napęd? Piesek i kiełbasa są połączone polem oddziaływania – zapach, czyli widzenie nosem i patyk. Układ musi się sam napędzać do przodu. Zapach zamieniany jest na oddziaływanie elektrostatyczne, a patyk na laser. Z uwagi na skrót, ideogram poglądowy idei (może rysunek się ułoży dobrze):

    [#~~@'(-woda i gaz elektronowy-)’~~@|+]

    [bateria][sterownia][bagaż][turysta][obsługa, pilot]> kierunek ruchu

    [#~~@'(-woda i gaz elektronowy-)’~~@|+]

    ozn.:
    [ ] – korpus napędu
    #~~ – laser
    @ – lustra ruchu cyklicznego fali EB
    ( – ) – masywny napędnik z polem ładunku ujemnego
    ‚ ‚ – zaczepy wahadłowe
    |+ – antena emisji pola ładunku dodatniego

    opis:
    laser wprowadza w postępowy ruch korpuskularno falowy mieszaninę hydroelektronową w napędniku, który jest harmonicznie przyspieszany i popycha falowo korpus napędu, a ten połączony z wahadłowcem nadaje mu ruch

    ruch:
    napędnik popędzany płynie na rzece fali światła, wehikuł jest katamaranem

    Psi nos i zapach bywa w idei kosmicznie fajny. Kto wie, może się kiedyś przyda.

  40. T.Ty.,

    zasadniczy argument na poparcie zacytowanego przez Ciebie zdania z mojego wpisu jest taki, że ani człowiek, ani żadne zwierze nie jest w stanie modyfikować składu swego moczu aktem woli (świadomie, jak kto chce). Funkcje wydalnicze, a już w szczególności te związane z produkcją hormonów oraz feromonów (podstawa komunikacji chemicznej u zwierząt) wyłączone są spod kontroli wolnej woli/świadomości i oparte są ma mechanizmach instynktownych (układ autonomiczny). Jeśli więc Fafik wysikuje jakąś informację, to czyni to bezwolnie, instynktownie.

    Są to sprawy raczej dośc dobrze zbadane i funkcjonowanie układu nerwowego autonomicznego jest poznane na tyle, żeby nie szukać drugiego dna tam, gdzie go nie ma. Co nie znaczy, że wiemy już wszystko, co jest do dowiedzenia się o układzie nerwowym autonomicznym.

  41. @ jacekp :

    Ta ciaza u muchy owocowej to taka licencia poetica, prawda? 🙂

  42. @Jacobsky

    Składu moczu zmienić nie można, ale z cewki moczowej nie tylko mocz leci. U samca na przykład resztki spermy, może tam są po drodze ujścia jakichś gruczołów…

    A nawet jak zwierzę na to wszystko nia ma świadomego wpływu, to pozostaje pytanie, po co psy sikają na przemian kilka razy, skoro mogłyby raz?

  43. J.Ty,

    bo odruchowo zostawiaja swoje sygnaly zapachowe, w odpowiedzi na to, co zastana w danym miejscu (na ogol sygnaly innych psow).

    Nie bardzo rozumiem tekst o spermie. Czy ma z niego wynikac, ze pies sie swiadomie onanizuje ? Chyba nie, bo nie trzeba mylic instynktownych reakcji zwierzat ze swiadomym dzialaniem czlowieka. Przy czym wydzielanie i sklad spermy oraz produktow z innych gruczolow znajduje sie rowniez poza kontrola woli zainteresowanego, i nawet jesli obecnosc hormonow ma miejsce w psim
    moczu, to pies nie ma na to swiadomego wplywu.

  44. jk,

    No zagalopowalem sie. Ta „ciaza” to dosc krotka u muchy. Oczywiscie chodzi o muche samice ktora sie rozmnaza.

  45. Znaczy sie znosi jaja…

  46. @Jacobsky

    Co chwilę piszesz, że pies to czy owo robi instynktownie, odruchowo, itp., że czegoś nie może kontrolować, itp. To się poważnie kłóci z moimi, dość niefachowymi, przyznaję, obserwacjami mojego własnego zwierzaka. Ponieważ Ty tez nie uważasz się za fachowca w tej branży, poprzestańmy na mojej wstępnej tezie, że warto zbadać, który z nas lepiej się domyśla.

  47. Znosza zarodki? Zaplodnienie jest w owidukcie (z pomoca plemnikow gigantycznych rozmiarow, 20 x dluzsze niz sama mucha).

  48. @ jacekp :

    Racja. Czyli wlasciwie ta samica jest w ciazy. 🙂

  49. J. Ty,.

    na tyle znam się na biologii, żeby pozostać przy swoim. Obserwacje indywidalne, szczególnie własnych, ukochanych zwierząt mogą prowadzić do fałszywych wniosków. Jesli chcesz, żeby pies czy jakikolwiek inny zwierzak kontrolował świadomie to i owo, to proszę bardzo. Miałem w swoim życiu wystarczająco dużo psów, żeby moje obserwacje na ich temat były nie gorsze od Twoich.

    Z tym że być może ja mniej kocham psy.

  50. Roberts et al 2010
    Darcin: a male pheromone that stimulates female memory and sexual attraction to an individual male’s odour

    Using wild-stock house mice to ensure natural responses that generalize across individual genomes, we identify a single atypical male-specific major urinary protein (MUP) of mass 18893Da that invokes a female’s inherent sexual attraction to male compared to female urinary scent.

    http://www.biomedcentral.com/1741-7007/8/75

  51. Tez ciekawe na temat „jezyka wydzielin”

    http://www.nytimes.com/2011/01/07/science/07tears.html?_r=1&hp

    „?Chemical signaling is a form of language,? said one of the researchers, Dr. Noam Sobel, a professor of neurobiology at the Weizmann Institute in Israel. ?Basically what we?ve found is the chemo-signaling word for ?no? ? or at least ?not now.? ? „

css.php